2. évad

Egy lány Layla menekül az árnyékfőnix elől. Bele esika   folyóba és az áramlat Alfeába juttatja. Ott találkozik a  Winxel. Elmondja, hogy őt és a  pixieket foglyul ejtette Darkar. Neki sikerült megszöknie, de a  pixieket nem bírta megmenteni. Az igazgató nő elküldi Stellat, Bloomot, Laylat, Skyt és Brandont, hogy mentsék meg a  pixieket. Az árnyékfőnix barlangjában Stella és Brandon leszakad a  csapattól, és Mélyföldbe jutnak ahol a  királynő arra kényszeríti Brandont, hogy vegye el feleségül. Stella kijut Mélyföldből és csatlakozik a  többiekhez, de Brandon a királynőnél marad fogságban. Sky, Bloom, Stella és Layla eljutnak a pixiekhez, de Darkar aki kiszabadított a  Trixet és még nagyobb hatalmat adott nekik, oda küldi Icyékat. Bloomék vesztésre állnak  a Trixel szemben, amikor is megjelenik egy idegen férfi aki megmenti őket. A pixiek kiszabadulnak, és Amore Stella, Lockett meg Bloom pixie lesz.( Laylanak már van pixieje: Piff) Elmennek Mélyföldbe, hogy megmentség Brandont. Amore találkozik egy ott lako férfivel, aki szerelmes a királynőbe. (Amore a  szerelem pixie) Amore felbátorítja, és a  férfi (Sponsus) a  Amersa királynő és Brandon esküvőjén szerelmet vall. A királynő úgy dönt, hogy inkább Sponsushoz megy hozzá. A lányok és a specialisták vissza térnek Alfeába  a pixiekkel. Ott Musanak Tuna, Floranak Chatta, Tecnanak Digit lett a  pixieje. Az új tanévben egy új tanár is jött, Avalon.  (A lányok nagy meglepődésére azt a  férfit ismerték fel benne, aki megmentette őket a  Trixtől) Bloom megkérte Avalont, hogy segítsen neki kinyomozni az igazi szüleit. Faragonda az igazgató nő, elmondta, hogy Darkat és Trix a kódex 4 részét akarják, ami a 3 iskolában és Pixie falvában van elrejtve. Sky nagyon féltékeny lett Bloomra, mert annyi időt töltött Avalonnal. Ezen össze vesztek, és amikor Bloom elment a Vöröskútba, hogy kibéküljenek, pont akkor tört be  a Trix a  kódex 1. részért. A specialisták, és Bloom mindent elkövettek, hogy megakadályozzák, de nem sikerült. A Trix elvitte a  kódexet, és még Sky is súlyosan megsérült. Bloom felfedezte, hogy van egy új ereje, amivel gyógyítani bír, és megmentette vele Sky életét. Kibékültek. (Bloom és Sky) Mivel a  gonosz elleni harcban nagyon kimerültek a  lányok, így Stella, Musa, Bloom és Lalya elszöktek az órákról, és a  Földre mentek kikapcsolódni. A tanárok azonban észre vették és megbüntették őket.
Musanak egy fellépést kellet megterveznie  a Vöröskútba, ahol ő is énekelt. Az apjával össze vesztek, mert Musa édesapja szerint nem jó az álmokat követni, és csak elrontja vele az életét, ha énekelni akar. Úgy dönt, Musa apja, hogy kiveszi a  lányát az Alfeából. Ám amikor megtánadja  a koncertet Stormy, és Musa az éneklésével menti meg a többieket, az ő apja is belétja, hogy jobb ha azt csinálhatja a  lány a amit akar. Így Musa továbbra is a  Winx tagja marad.
A lányoknak elkel utazniuk a  Felhőtoronyba tanulni, mert a  kódex 2. részét ott őrzik, és csak úgy tudják megvédeni, ha a  közelében vannak. A boszorkányokkkal nem jönnek ki valami jól, és még ők is csak veszekszenek. Szétválnak és így a  Trix könnyedén megszerezheti a kódex 2. darabját is. Vissza utaznak Alfeába, ahol Bloom egy időutazás félét tesz, amin megfertőzi egy árnyvírus, aminek hatására Darkar hatalma alá kerül, és így Bloom maga adja át a Trixnek a kódex 3. darabját.
Mikor sikerül kiírtania Avalonnak Bloomból a  vírust, akkor az igazgatónő elküldi öket egy kis kikapcsolódásra, egy olyan helyre ahol nincs mágia. Közben az egyik pixie haza repül, és Icy követi őt, így megtalálja Pixie falvát és könnyedén ellopja a kódex utolsó darabját is. Darkar egyesíteni akarja  a darabokat, hogy megszerezhesse a  világ leghatalmasabb erejét, de rájön, hogy csak a  sárkánytüze segítségével lehet birtokolni az erőt. Elküldi a  Trixet, hogy hozza el Bloomot a  vakációról, de nem járnak sikerrel, mert Bloom, Stella, Musa, Tecna és Layla megkapják a  charmixjukat, amitől erősebbek lesznek, és legyőzik őket. A Winx visszatér Alfeába. Musa, Tecna és Stella találkozik egy férfival aki úgy néz ki mint Avalon. Faragonda igazgató nő elé viszik. Kiderül, hogy  ő az igazi Avalon, és eddig Darkar börtönébe volt fogva tartva. (az az) Aki eddig a tanáruknak adta ki magát az az árnyékfőnix egyik szolgája, csak lemásolta Avalon külsejét, és erejét. A lányok tudják, hogy Bloomnak Avalonnal van akkor találkozója, így sietnek, hogy megakadájozzák, hogy az ál avalon csapdába ejtse  a barátnőjüket, de elkésnek. Bloomot elrabolja a hamis Avalon. A Winx a  specialisták és Mélyföld lakói eliondulnak, hogy harcba szálljanak Darkaralla és a  seregével. Amersa serege, és  a fiúk feltartják a  szörnyeket amíg a  lányok megmentik Bloomot. Közben Darkar átváltoztatja Bloomot gonosszá, és megnyitja  a a dimenziós kaput. Bemennek és Bloom elkezdi átadni a sárkánytüzét az árnyákfőnixnek. Stella és Layla időben érkezik, és elérik, hogy Bloom újra kezdje  a kántálást, ezzel is lassítva a  szertartást. Megérkezik a többi tündér és specialista is és ők is harcolnak, de Darkar mindenkit legyőz. Bloom mikor már épp átadná a  sárkánytüzét, egyszer csak vissza változik jóvá. Kiderül, hogy a gyógyító képessége meggyógyította a rossz részét. Együtt a  Winxel egy végzetes csapást mérnek Darkarra. Viszza mennek Alfeába és megünneplik a győzelmet.

UI:De a Trix életbe marad és kitudja, hogy mikor tér vissza újra!